La desorganización de la candidatura presidencial de Pachakutik llegó a su punto máximo. Luego de que el Tribunal Contencioso Electoral negara la solicitud de abrir más de 20.000 urnas que demandó Yaku Pérez, el partido político Pachakutik decidió impulsar el voto “nulo ideológico”. Era una forma de rechazar a los finalistas, Andrés Arauz y Guillermo Lasso. Sin embargo, el sábado 3 de abril, el presidente de la CONAIE, brazo político de Pachakutik, Jaime Vargas reconoció públicamente el apoyo de las nacionalidades indígenas al candidato Arauz.
Desde dentro de la organización indígena se han mostrado diversas reacciones, principalmente en rechazo a lo señalado por Vargas. La dirigente de comunicación de la CONAIE, Apawki Castro, señaló que el consejo de Gobierno mantiene las resoluciones adoptadas del 10 de marzo, cuando se decidió promover “el voto nulo ideológico”. La resolución fue firmada por el propio Jaime Vargas de la CONAIE y Marlon Santi, presidente de la Confederación de Nacionalidades Indígenas de la Amazonía.
Castro reveló que se analiza la convocatoria de una reunión del consejo de Gobierno de la CONAIE tras el pronunciamiento público de Jaime Vargas por el candidato Arauz. Asimismo, otra de las dirigentes del partido Pachakutik, Cecilia Velasque, calificó de “traición” a las declaraciones de Vargas y anunció un comunicado del partido político en las próximas horas. Lourdes Tibán ironizó de que en Semana Santa fue el momento propicio para que “Judas se revele”, en alusión a las fechas festivas que atraviesa el país.
Apareció también Leonidas Iza, presidente del Movimiento Indígena y Campesino de Cotopaxi, quien se desmarcó de las declaraciones de Vargas. “Los militantes no podemos convertirnos en fanáticos de un candidato. La decisión está tomada desde el movimiento indígena. Ahora parece se quiere poner a discutir del insulto de (Rafael) Correa, o el insulto de la derecha”, expuso en un video que circuló en redes sociales. Por otra parte, la activista ambiental Nina Gualinga, ironizó de que la memoria de Jaime Vargas es tan corta que se olvidó del asesinato de compañeros, la persecución y ataques constantes a mujeres y líderes indígenas.
Pachakutik aseguró que se fraguó un fraude electoral en la primera vuelta contra su candidato presidencial, Yaku Pérez. Él mantuvo el segundo lugar de los escrutinios hasta que se contabilizaron las actas con inconsistencias, que revirtieron la tendencia y ubicaron segundo a Guillermo Lasso. De tal manera, que el propio Pérez lanzó un vídeo en el que dejó en libertad de votar por quienes “su consciencia determine” a sus partidarios.