Mediante un decreto, Noboa ordenó que esta secretaría sea suprimida en el plazo de 90 días y que sus funciones sean asumidas por los ministerios del Interior y de Defensa.
El Ministerio del Interior quedará a cargo de la secretaría del Consejo de Seguridad Pública y del Estado (Cosepe) y de la coordinación entre los organismos que son parte del Sistema de Seguridad Pública y del Estado, entre otras atribuciones.
Por su parte, el Ministerio de Defensa Nacional fue designado como la entidad encargada de la formulación del Plan Nacional de Seguridad Integral.
En agosto de 2022, Lasso creó esta secretaría de la Presidencia para que fuese la responsable de elaborar políticas públicas, llevar la planificación integral y coordinar con los organismos que conforman el Sistema de Seguridad Pública y del Estado, así como también del seguimiento y evaluación de las acciones aprobadas en materia de seguridad.
La eliminación de esta secretaría se produce en medio del estado de excepción y "conflicto armado interno" declarado por Noboa para recrudecer el combate contra el crimen organizado, tras una oleada de atentados y violencia acontecida a inicios de enero y atribuida a las bandas criminales.
Como parte de esa espiral de violencia se dio la toma de un canal de televisión por parte de un grupo armado y una serie de motines carcelarios con unos 200 rehenes que lograron ser liberados, además de secuestros de policías, asesinatos, alertas de explosivos y vehículos incendiados.
Esta crisis aconteció cuando el Gobierno de Noboa, que inició su mandato en noviembre pasado, se disponía a poner en práctica su plan para recuperar el control del Estado en las cárceles, muchas de ellas dominadas por las bandas criminales que operan en el país, dedicadas principalmente al narcotráfico, pero también a la extorsión, el tráfico de armas y la minería ilegal.
Con la declaración por parte de Noboa de la existencia de un "conflicto armado interno" contra el crimen organizado en Ecuador, el Ejecutivo pasó a considerar a estas bandas como grupos terroristas y actores beligerantes no estatales.