Fujimori, de 85 años y quien padece varias enfermedades, abandonó el penal Barbadillo, en el este de Lima, a las 18H29 locales (23H29 GMT).
Con chaleco negro y mascarilla, Fujimori salió acompañado por sus hijos Keiko y Kenji en una camioneta gris que se abrió paso lentamente entre decenas de seguidores.
"Tenemos el corazón que nos revienta de alegría. Porque este hombre ha estado injustamente preso", dijo a la AFP Nikita, una simpatizante que llegó al penal.
El martes, el Tribunal Constitucional ordenó la excarcelación del exmandatario tras restituirle un indulto otorgado en 2017.
El entonces gobierno de Pedro Pablo Kuczynski (2016-2018) concedió el recurso de gracia a Fujimori por razones humanitarias, pero la justicia peruana lo revocó atendiendo un pedido de la Corte Interamericana de Derechos Humanos (Corte IDH) a favor de las víctimas del exmandatario que gobernó con mano de hierro entre 1990 y 2000.
Este miércoles la Corte IDH elevó un pedido al gobierno peruano para que se abstuviera de excarcelar al exmandatario hasta revisar la legalidad de la decisión del Tribunal Constitucional.
Sin embargo, el gobierno de Dina Boluarte autorizó su excarcelación.